لمسجد قباء فضل عظيم، فقد ورد فيه قول الرسول محمد: من تطهر في بيته ثم أتى مسجد قباء وصلى فيه كان له كأجر عمرة، كما ورد في صحيح البخاري وصحيح مسلم أن النبي كان يأتي مسجد قباء كل سبت ماشيًا وراكبًا فيصلي فيه ركعتين